La UPAP está conformada por facultades y sedes, que totalizan todas las carreras vigentes, con diversos enfoques de acción. Cada facultad tiene sus líneas de investigación, que son atribuciones de los directivos, así como de coordinadores e investigadores. Las líneas de investigación de las facultades tributan a las líneas institucionales, y se han de elaborar considerando el área académica a la que pertenecen así como las experiencias e intereses de los investigadores.
Las líneas de investigación se correlacionan con los planes de desarrollo nacional, los de investigación y con las áreas de investigación científica en el Paraguay propuestas por la CONACYT, señaladas como prioritarias.
Además, se considera importante la trayectoria educativa y de investigación de la universidad, acumulada en todos estos años, así como la dinámica de la realidad social paraguaya y las necesidades sociales apremiantes. Estas líneas no son rígidas ni ajenas a los cambios que experimentarán la UPAP y sociedad en su conjunto, esto significa que la institución estará siempre abierta a nuevos retos y dispuesta a enfrentar las problemáticas que surjan en una sociedad globalizada.
Las líneas de investigación institucionales se relacionan directamente con la realidad científica particular de la universidad y están en correspondencia con los ejes problemáticos del país en el contexto de la globalización. Las líneas, por tanto, agrupan y representan la base investigativa de aquellas facultades y/o centros de investigación destacados en dicha actividad.
(*) Sujetas a las modificaciones y/o adecuaciones que las facultades y/o sedes pudieran formular o propone.