De acuerdo al Plan Estratégico de Investigación, Desarrollo e Innovación 2014 – 2019, la UPAP promueve la realización de trabajos de investigación científica dentro de la comunidad educativa, a través de la Dirección de Investigación de la institución, cuyo principal objetivo se basa en establecer las líneas de investigaciones institucionales.
Las líneas de investigación de la UPAP se correlacionan con los planes de desarrollo nacional y con las áreas de investigación científica en el Paraguay propuestas por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), estando de esta forma, en correspondencia con los ejes de investigación del país en el contexto de la globalización.
Considerando la dinámica de la realidad social paraguaya, las líneas investigativas de la UPAP son las referentes al desarrollo productivo sostenible, la educación, la inclusión social, la salud pública, las tecnologías de la información y comunicación (TICs), la biodiversidad, el medio ambiente y los recursos naturales.
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